Pondok Pesantren memiliki program pendidikan yang disusun sendiri (mandiri) dimana program ini mengandung proses pendidikan formal, non formal maupun informal yang berlangsung sepanjang hari dalam satu pengkondisian di asrama. Sehingga dari sini dapat dipahami bahwa pondok pesantren secara institusi atau kelembagaan dikembangkan untuk mengefektifkan dampaknya, pondok pesantren bukan saja sebagai tempat belajar melainkan merupakan proses hidup itu sendiri, pembentukan watak dan pengembangan sumber daya.
Secara garis besar, ciri khas pesantren modern adalah memprioritaskan pendidikan pada sistem sekolah formal dan penekanan bahasa Arab modern dan Inggris. Secara tak langsung, maka pada hakekatnya pesantren memiliki peran sangat besar dalam sosialisasi secara mendalam isu-isu yang berkaitan dengan Islam itu sendiri, termasuk Moderasi Beragama.
Pesantren yang termasuk sebagai lembaga pendidikan Islam yang cukup banyak peminat dan sekaligus menjadi sumber tumbuhnya generasigenerasi bangsa. Perlu mengokohkan peran institusi pendidikan Islam pondok pesantren sebagai benteng menanggulangi radikalisme dan terorisme di Indonesia. Sejalan dengan yang dicanangkan oleh Kementerian agama untuk mencegah kekerasan dan radikalisme di pesantren, pihak Kementerian Agama (Kemenag) sudah meluncurkan konsep moderasi agama sebagai panduan pembelajaran di pesantren. Dalam UU pesantren juga menyebutkan bahwa pesantren memegang fungsi dakwah atau penyebarluasan ajaran agama Islam. Pasal dan ayat dalam ketentuan ini sebenarnya bukan merupakan aturan, namun merupakan penegasan mengenai model dakwah yang selama ini dijalankan pesantren. Pesantren adalah pusat dakwah Islam yang moderat (tawassuth), menghargai tradisi masyarakat dan menggelorakan semangat cinta tanah air Indonesia